NetBeans IDE 7.0 Betaで試しました。
netbeans.confの「netbeans_default_options」ブロックに「-J-Dfile.encoding=UTF-8」を追加してやればいいようです。 下記のようになります。
// C:\Program Files\NetBeans 7.0 Beta\etc\netbeans.conf # Options used by NetBeans launcher by default, can be overridden by explicit # command line switches: netbeans_default_options="-J-client -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=384m -J-Dnetbeans.logger.console=true -J-ea -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dapple.awt.graphics.UseQuartz=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true -J-Dfile.encoding=UTF-8"
結果
（2011/07/07追記）
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